ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต กระทรวงสาธารณสุข (ศปท.) มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้

1. เสนอแนะแก่ปลัดกระทรวงเกี่ยวกับการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของส่วนราชการในสังกัด รวมทั้งจัดทำแผนปฏิบัติการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของส่วนราชการ ให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์ว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต มาตรการป้องกันและปราบปรามการทุจริตภาครัฐ และนโยบายของรัฐบาลที่เกี่ยวข้องเสนอต่อปลัดกระทรวง

2. ประสาน เร่งรัด และกำกับให้หน่วยงานในสังกัดดำเนินการตามแผนปฏิบัติการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของส่วนราชการ

3. รับข้อร้องเรียนการทุจริต การปฏิบัติหรือการละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบของเจ้าหน้าที่ในส่วนราชการ และส่งต่อไปยังส่วนราชการและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง

4. คุ้มครองจริยธรรมตามประมวลจริยธรรมข้าราชการพลเรือน

5. ประสาน เร่งรัด และติดตามเกี่ยวกับการดำเนินงานตาม (3) และ (4) และร่วมมือในการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบกับส่าวนราชการและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง

6. ติดตาม ประเมินผล และจัดทำรายงานการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบของส่วนราชการในสังกัดและการคุ้มครองจริยธรรม เสนอต่อปลัดกระทรวงและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง

7. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย