กองกฎหมาย

 กองการต่างประเทศ

 กองการพยาบาล

 กองตรวจราชการ

 กองบริหารการคลัง

 กองบริหารการสาธารณสุข

 กองบริหารทรัพยากรบุคคล

 กองยุทธศาสตร์และแผนงาน

 กองเศรษฐกิจสุขภาพและหลักประกันสุขภาพ

 กองสาธารณสุขฉุกเฉิน

 กองสนับสนุนระบบสุขภาพปฐมภูมิ

 กลุ่มตรวจสอบภายใน สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข

 กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร

 สำนักมาตารฐานวินัยและระบบคุณธรรม

 สำนักสารนิเทศ

 สำนักส่งเสริม สนับสนุนการผลิต พัฒนาแพทย์และบุคลากรทางการแพทย์

 สำนักส่งเสริมและสนับสนุนอาหารปลอดภัย

 วิทยาลัยนักบริหารสาธารณสุข

 สำนักงานเลขานุการคณะกรรมการบำบัดรักษาและฟื้นฟูผู้ติดยาเสพติด กระทรวงสาธารณสุข

 ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร

 สำนักโครงการพระราชดำริ โครงการเฉลิมพระเกียรติ และกิจกรรมพิเศษ

 สำนักงานรัฐมนตรี กระทรวงสาธารณสุข

 สำนักวิชาการสาธารณสุข

 สำนักสุขภาพดิจิทัล

 ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต กระทรวงสาธารณสุข